Komitetas svarsto ir prireikus Seimo vardu priima sprendimus dėl Seimo kompetencijai priklausančių ES reikalų, vykdo kitus Seimo statute nustatytus komiteto įgaliojimus.
Komitetas paprastai posėdžiauja du kartus per savaitę: trečiadieniais ir penktadieniais. Lietuvai įstojus į ES, buvo pakeistas Seimo narių susitikimų su rinkėjais laikas. Vadinamoji „rinkėjų diena“ perkelta iš penktadienio į pirmadienį tam, kad Europos reikalų komitetas galėtų pateikti Seimo nuomonę Ministrui Pirmininkui ir ministrams, vykstantiems į Europos Sąjungos Tarybos posėdžius pirmadienį.
Komitetas, vykdydamas parlamentinę ES reikalų kontrolę:
1) pateikia Seimo nuomonę dėl pasiūlymų priimti Europos Sąjungos teisės aktus į Europos Vadovų Tarybos posėdį vykstančiam Ministrui Pirmininkui bei į Europos Sąjungos Tarybos posėdžius vykstantiems ministrams;
2) išklauso Ministro Pirmininko, ministro, kitų Vyriausybės atstovų dalyvavimo Europos Vadovų Tarybos ir Europos Sąjungos Tarybos posėdžiuose ataskaitas;
3) svarsto Ministro Pirmininko arba ministro pristatomas Lietuvos Respublikos pozicijas dėl pasiūlymų priimti ES teisės aktus ir kitus ES dokumentus aktualiais Lietuvai klausimais;
4) svarsto Seimo kompetencijai priklausančius ES reikalus ir prireikus teikia nuomonę arba komiteto išvadą Seimo vardu;
5) prireikus teikia išvadas Seimui, ar pagal teisėkūros procedūrą priimamų aktų projektai galimai neprieštarauja subsidiarumo principui (išskyrus sritis pagal Seimo statutą priskirtas Užsienio reikalų komiteto kompetencijai);
6) nagrinėja pasiūlymus priimti Europos Sąjungos teisės aktus ir kitus Europos Sąjungos dokumentus ir prireikus reiškia Seimo nuomonę Vyriausybei ir/arba Europos Sąjungos institucijoms.
Komitetas yra aktyvus tarpparlamentinio bendradarbiavimo iniciatorius ir dalyvis. Komitetas palaiko glaudžius ryšius su Europos Parlamentu, kur nuo 2003 m. sausio mėnesio Komiteto iniciatyva dirba Lietuvos Respublikos Seimo atstovas. Nuo 1997 m. Komiteto atstovai aktyviai dalyvauja Sąjungos reikalų parlamentinių komitetų konferencijoje (COSAC).
