1993 m. gegužės 4 d. Seimas priėmė nutarimą „Dėl Lietuvos Respublikos prisijungimo prie Europos Tarybos Statuto“, o gegužės 14 d. ratifikavo Europos Tarybos steigiamąją (Londono) sutartį. Tą dieną buvo deponuoti prisijungimo prie Europos Tarybos statuto dokumentai. Nuo to laiko Lietuva įgijo šios organizacijos pilnateisės narės statusą.

Praėjus dvejiems metams – 1995 m. balandžio 27 d. – ratifikuota Žmogaus teisių ir pagrindinių laisvių apsaugos konvencija, pripažįstant Europos žmogaus teisių komisijos kompetenciją priimti ir nagrinėti individualius skundus, taip pat pripažįstant privalomąją Europos Žmogaus Teisių Teismo jurisdikciją.

Europos Taryba buvo pirmoji tarptautinė Europos organizacija, į kurią Lietuva įstojo atkūrusi Nepriklausomybę – narystė joje tapo svarbiu politiniu pasiekimu.  Lietuvai visada buvo svarbus šios organizacijos politinis palaikymas – Europos Taryba niekada nepripažino sovietų įvykdytos Baltijos valstybių okupacijos ir aneksijos. Tai liudija ir 1960 m. Europos Tarybos Parlamentinės Asamblėjos priimta rezoliucija „Dėl padėties Baltijos valstybėse, minint dvidešimtąsias jų prievartinės inkorporacijos į Sovietų Sąjungą metines“.

Nuo 2001 m. lapkričio 8 d. iki 2002 m. gegužės 3 d. Lietuva pirmą kartą pirmininkavo Europos Tarybos Ministrų komitetui.

Seimo delegacijų Europos Tarybos Parlamentinėje Asamblėjoje pirmininkai

Aloyzas Sakalas – 1993 m.

Algirdas Gricius – 1994–1996 m.

Bronislavas Juozas Kuzmickas – 1997–1999 m.

Jonas Čekuolis – 2000–2004 m.

Algirdas Paleckis – 2005 m., 2007 m. (iki balandžio mėn.)

Birutė Vėsaitė – 2006 m.

Zigmantas Balčytis – 2007 m. (nuo balandžio) – 2008 m.

Emanuelis Zingeris – 2009–2012 m.

Orinta Leiputė – 2013 m.

Birutė Vėsaitė – 2014–2016 m.

Algirdas Butkevičius – 2016–2020 m.

Pagal Europos Tarybos Parlamentinės Asamblėjos veiklos reglamentą, nacionalinės delegacijos turi būti sudaromos užtikrinant politinių partijų ar grupių nacionaliniame parlamente atstovavimą, taip pat privaloma, kad delegacijos nariais būtų abiejų lyčių atstovai, bent jau tokiomis proporcijomis, kokios yra parlamente. Delegacijos nariai privalo pasirašyti pasižadėjimą laikytis pagrindinių Europos Tarybos principų. Delegacijos narių įgaliojimai turi būti atnaujinami kiekvienais metais.

Seimo delegacija ETPA formuojama kasmet frakcijų proporcingo atstovavimo principu. Taip pat yra privaloma, kad delegacijos nariais būtų abiejų lyčių atstovai, priešingu atveju ETPA gali nuspręsti suspenduoti delegacijos įgaliojimus. Delegacija Asamblėjoje turi 4 balsus, delegaciją sudaro 4 nariai ir 4 narių pavaduotojai.

2016–2020 m. Seimo kadencijos delegacijai ETPA vadovauti buvo paskirtas Algirdas Butkevičius, Egidijus Vareikis tapo pirmininko pavaduotoju. 2020 m. E. Vareikis buvo išrinktas ETPA viceprezidentu. Delegacijos pirmininkas A. Butkevičius 2020 m. tapo didžiausios ETPA Socialistų politinės grupės valdybos nariu. Svarbiausi ir aktualiausi Lietuvos delegacijos narių pranešimai – 2019–2020 m. dėl Boriso Nemcovo žūties tyrimo, Rusijos Federacijos įgaliojimų užginčijimo procedūrų, dėl smurto ir diskriminacijos prevencijos tarp pabėgėlių Europoje religinių mažumų. 2019 m. Seimo delegacija ETPA kartu su Latvijos, Estijos, Sakartvelo, Ukrainos ir keliais Jungtinės Karalystės, Švedijos, Danijos delegacijų nariais įkūrė neformalią Baltic+ grupę. Ši grupė ne tik veikia priešindamasi Rusijos delegacijos besąlygiškam grąžinimui į ETPA (pažeidus demokratijos ir žmogaus teisių nuostatas), bet taip pat kelia aktualius ETPA veiksmingumo ir efektyvesnio darbo klausimus.

Europos Tarybos ir Parlamentinės Asamblėjos būstinė yra Strasbūre. Čia Lietuvos delegacija, kaip ir kitų šalių delegacijos, turi savo biurą, kuriuo gali naudotis sesijų metu. ​

Finansai. Seimas narystės mokesčio Asamblėjai nemoka.

***

2020 m. gruodžio 8 d. 2020–2024 metų kadencijos Seimas, vadovaudamasis Statuto 81 straipsnio 1 dalimi, sudarė 10 parlamentinių delegacijų, tarp jų – Seimo delegaciją Europos Tarybos Parlamentinėje Asamblėjoje. Delegaciją sudaro keturi nariai ir keturi nariai pavaduotojai. Delegacijos pirmininku Seimas patvirtino Emanuelį Zingerį, pirmininko pavaduotoju  –  Arminą Lydeką.

2021 m. sausio 25 d. – 2022 m. sausio 23 d. Seimo delegacijos narė Laima Andrikienė buvo išrinkta ir dirbo Europos Tarybos Parlamentinės Asamblėjos viceprezidente.