2003 m. birželio 4 d. įvykusiame Seimo Antikorupcijos komisijos bei Biudžeto ir finansų komiteto Audito pakomitečio bendrame posėdyje išklausyta informacija apie Valstybės kontrolės atlikto SAPARD lėšų 2002 m. 9 mėnesių išlaidų deklaracijos audito ataskaitoje pateiktų rekomendacijų įgyvendinimą bei apie "PricewaterhouseCoopers" auditorių išvadas dėl Nacionalinės mokėjimo agentūros veiklos vykdant SAPARD programą 2002 metais. Šią informaciją pateikė posėdyje dalyvavę Valstybės kontrolės, Finansų ministerijos, Žemės ūkio ministerijos, Nacionalinės mokėjimo agentūros prie Žemės ūkio ministerijos, Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos atstovai.

Valstybės kontrolės atstovai informavo, kad Nacionalinė mokėjimo agentūra atsižvelgė į daugelį auditorių rekomendacijų, tačiau neįvykdė siūlymo papildomai įvertinti įmonės "Rovisa" projekto finansavimą ir spęsti klausimą dėl susigrąžinimo 2 017 703 Lt, sumokėtų pažeidžiant Daugiametės finansavimo sutarties nuostatas (t.y. sumokėtų už įrangą, kuri buvo gauta ir sumontuota iki paramos sutarties pasirašymo). Dėl to, Valstybės kontrolės specialistų nuomone, SAPARD lėšų 2002 m. 9 mėnesių faktinių išlaidų deklaracija yra išsami, tačiau neteisinga. Finansų ministerijos ir Nacionalinės mokėjimo agentūros atstovai paaiškino, kad šių lėšų grąžinimo klausimą netrukus spręs Europos Komisijos Žemės ūkio direktorato atstovai.

Finansų ministerijos atstovai supažindino su svarbiausias "PricewaterhouseCoopers" auditorių pastebėjimais: apie tai, kad Nacionalinė mokėjimo agentūra neanalizuoja ir nevertina informacijos dėl įmonių, susijusių su potencialiu paramos gavėju, kai šis priklauso įmonių grupei; pastebėti atvejai, kai paramos gavėjai nepateikia įrodymų apie sugebėjimą parduoti produkciją per projekte numatytus terminus; agentūra nepakankamai vertina paramos gavėjų tiekėjų pasikeitimą po paramos sutarties sudarymo; atkreipė dėmesį ir į minėtą Valstybės kontrolės nustatytą faktą, nurodydami, kad paramos teikimas pagal sąskaitas, išrašytas anksčiau nei sudaryta paramos sutartis, prieštarauja agentūros patvirtintoms procedūroms.

Nacionalinės mokėjimo agentūros direktorius kalbėjo apie priemones, kurių imasi trūkumams pašalinti, apie šiuo tikslu patvirtinto priemonių plano įgyvendinimą. Informavo, kad pagal Nacionalinę žemės ūkio ir kaimo plėtros programą 2000-2003 m. skirta 569,336 mln. Lt paramos lėšų. Paraiškų rinkimo metu buvo gauta ir registruota 927 paraiškos už 839,1 mln. litų. Patvirtinta 318 projektų ir sudaryta paramos sutarčių, kuriose numatyta projektų įgyvendinimui skirti 334,9 mln. Lt. Atmesta 175 paraiškų už 177,438 mln. Lt. Šiuo metu Nacionalinėje mokėjimo agentūroje tikrinamos 434 paraiškos, kuriomis prašoma daugiau kaip 326,824 mln. Lt SAPARD paramos lėšų.

Komisijos nariai piktinosi, kad Nacionalinė mokėjimo agentūra įslaptina duomenis apie paramos teikimą, nors Europos Taryba skatina viešumą šioje srityje. Taip pat agentūros vadovo dėmesys atkreiptas į tai, kad būtina informuoti potencialius paramos gavėjus apie galimybę SAPARD programos lėšomis padengti verslo projektų rengimo išlaidas (direktoriaus įsakyme, kuriame nurodomos tinkamos SAPARD lėšomis remiamos išlaidos, nenurodyta, kad verslo projektų rengimo išlaidos gali būti kompensuojamos kartu su kitomis tinkamomis išlaidomis). Agentūros vadovas sakė, kad nuo š.m. birželio 1 d. informacija apie paramą nebus įslaptinama, sutiko, kad būtina aiškiau informuoti apie projektų rengimo išlaidų kompensavimą.

Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos atstovai informavo apie tarnybos veiklą atskleidžiant Europos Bendrijų finansiniams interesams priešingas veikas.