1999 m. lapkričio 4 d. Seimo nutarimu Nr. VIII-1393 buvo patvirtinti NATO reikalų komisijos (toliau – Komisija) nuostatai. Juose suformuluoti šie Komisijos uždaviniai:

• užtikrinti Seimo komitetų bei Seimo delegacijų NATO Parlamentinėje Asamblėjoje bei Vakarų Europos Sąjungos Asamblėjoje darbo koordinavimą integracijos į NATO srityje;
• stiprinti parlamentinę integracijos į NATO kontrolę;
• rūpintis visuomenės platesniu informavimu nacionalinio saugumo, valstybės gynybos bei integracijos į NATO klausimais;
• inicijuoti ir rengti įstatymų, jų papildymų bei pakeitimų, Seimo nutarimų projektus nacionalinio saugumo, valstybės gynybos bei integracijos į NATO klausimams teisiškai reguliuoti;
• rūpintis Nacionalinio saugumo pagrindų įstatymo, kasmetinių Seimo rezoliucijų dėl nacionalinio saugumo sistemos būklės ir plėtros ataskaitų įgyvendinimu;
• plėsti ir stiprinti parlamentinius ryšius su NATO šalių ir siekiančių narystės šioje organizacijoje šalių parlamentais.

Pagal NATO reiklų komisijos nuostatus Komisiją sudaro 15 narių. Komisijos sudėtis nuo 2003 m. iš esmės nepasikeitė, tačiau nuo 2004 m. liepos 8 d. ją sudaro tik 14 narių, kadangi Vytenis Povilas Andriukaitis atsistatydino iš užimamų pareigų bei sustabdė narystę Socialdemokratinės koalicijos frakcijoje. Taigi nuo 2004 m. liepos 8 d. Komisijos sudėtis buvo tokia: Vaclav Stankevič, Rasa Juknevičienė, Vydas Baravykas, Kazys Bobelis, Algirdas Gricius, Gediminas Jakavonis, Jonas Korenka, Algirdas Kunčinas, Eugenijus Maldeikis, Eimundas Savickas, Visvaldas Nekrašas, Alvydas Sadeckas, Romanas Algimantas Sedlickas ir Egidijus Vareikis. 2004 m. rudenį išrinkus 2004 – 2008 m. kadencijos Seimo narius, buvo sudaryta 11 Seimo narių šios sudėties nuolatinė Komisija: Petras Auštrevičius, Audronius Ažubalis, Kazys Bobelis, Rasa Juknevičienė, Egidijus Klumbys, Alfredas Pekeliūnas, Vaclav Stankevič, Mindaugas Subačius, Romas Venclovas, Vilija Vertelienė ir Roma Žakaitienė. Komisijos pirmininku išrinktas Vaclav Stankevič.

2004 metais Komisija surengė du posėdžius:

Posėdyje dalyvavo Krašto apsaugos, Užsienio reikalų, Ūkio ministerijos pareigūnai ir Valstybės saugumo departamento darbuotojai. Ūkio ministerija, kaip atsakinga institucija (LR Ministro Pirmininko 2004 m. balandžio 27 d. pavedimu Nr. 17-3867), 2004 m. birželio 2 d. sudarė darbo grupę, kuriai pavesta iki 2004 m. liepos 31 d. parengti Lietuvos įmonių dalyvavimo NATO skelbiamuose prekių, paslaugų bei darbų įsigijimo konkursuose patikrinimo ir patikimumą patvirtinančių pažymėjimų Lietuvos Respublikoje įsteigtoms įmonėms išdavimo taisyklių projektą. Darbo grupės vadovas – G. Rainys, Ūkio ministerijos sekretorius; darbo grupės sekretorė – J. Kolisovienė, Ūkio ministerijos Pramonės strategijos skyriaus vyr. specialistė; darbo grupės nariai: V. Baranauskas – Ūkio ministerijos Pramonės strategijos skyriaus vedėjas; N. Mockutė – Ūkio ministerijos Įmonių teisės skyriaus vedėja; J. Grinevičius – Užsienio reikalų ministerijos Saugumo politikos departamento NATO skyriaus vedėjas; M. Svirskas – Valstybės saugumo departamento poskyrio viršininkas; A. Bložė – Valstybės saugumo departamento vyresnysis inspektorius; M. Dieninytė – Teisingumo ministerijos Teisėkūros ir viešosios teisės departamento vyr. specialistė; S. Dzekunskas – Įsigijimų tarnybos prie Krašto apsaugos ministerijos viršininkas; R. Sadeckas – Įmonių bankroto skyriaus vyr. specialistas. Šiam projektui parengti gali būti pasitelkti ir nepriklausomi ekspertai.

Posėdyje nutarta pritarti Seimo nario VACLAV STANKEVIČ kandidatūrai į NATO reikalų komisijos pirmininko postą.

Čekijos parlamentarai labiausiai domėjosi oro policijos misija, kurią Lietuvoje vykdo Aljanso pajėgos. Susitikimo metu Čekijos parlamento Gynybos ir saugumo pirmininkas Jan Vidim teiravosi, kodėl Lietuva kartu su Latvija ir Estija pasirinko tokį oro erdvės apsaugos variantą ir kaip šiam tikslui yra parengta teisinė bazė.

Susitikime dalyvavo laikinasis Seimo Pirmininkas Česlovas Juršėnas, Seimo Nacionalinio saugumo ir gynybos komiteto pirmininkas Alvydas Sadeckas bei šio komiteto nariai, NATO reikalų komisijos pirmininkas Vaclav Stankevič, Komisijos narė Rasa Juknevičienė, Lietuvos kariuomenės vadas generolas majoras Jonas Kronkaitis, Lietuvos nacionalinis karinis atstovas Vyriausiojoje sąjungininkių pajėgų Europoje vadavietėje (SHAPE) pulkininkas Antanas Jurgaitis, Krašto apsaugos ministerijos sekretorius Povilas Malakauskas, kiti oficialūs asmenys.

Susitikimo metu laikinasis Seimo pirmininkas Česlovas Juršėnas pabrėžė, kad Lietuva tęs misijas pavojingose tarptautinėse operacijose, kad ši nuostata atitinka tiek šalies vadovybės tiek pagrindinių politinių partijų nuomonę. Vyriausiasis NATO jungtinių pajėgų Europoje vadas savo ruožtu pasidžiaugė, kad Lietuva ir kitos naujosios Aljanso narės suteiks šiai organizacijai daugiau energijos, o jų bendradarbiavimas ir nauja patirtis būsią labai naudingi. Generolas taip pat kalbėjo apie NATO vadovybės ryšių su valstybių narių parlamentarais svarbą, ir pažymėjo, kad parlamentarai turėtų kuo daugiau žinoti apie NATO ir daugiau dėmesio skirti visuomenės informavimui.

Taip pat reikėtų paminėti seminarą, suorganizuotą Vilniaus universiteto Tarptautinių santykių ir politikos mokslų instituto (VU TSPMI) 2004 m. balandžio 21 d. Jame dalyvavo Seimo NATO reikalų komisijos pirmininkas Vaclav Stankevič bei kiti Seimo nariai, Užsienio reikalų, Krašto apsaugos ir kitų ministerijų atstovai, Lietuvos akademinių institucijų ir nevyriausybinių organizacijų, žiniasklaidos atstovai.

Kaip žinome, 2004 m. kovo 29 d. Lietuva baigusi visas teisines prisijungimo prie NATO procedūras ir Vašingtone kartu su kitų šešių pakviestų šalių atstovais deponavusi ratifikacinius Šiaurės Atlanto sutarties raštus, tapo visateise NATO nare.

• Lietuva sieks būti ne tik saugumo vartotoja, bet ir prisidėti prie Aljanso saugumo, dalydamasi su kitomis NATO narėmis savo patirtimi karinių, politinių ir ekonominių reformų , santykių su Rytų kaimynais srityse ir pan.
• Kitas labai svarbus Lietuvos, kaip NATO narės, vaidmuo – pagalba ir konsultacijos NATO narystės siekiančioms šalims, tokioms kaip Ukraina, Gruzija ar Azerbaidžanas. Lietuvos patirtis karinių ir politinių reformų srityje gali būti labai naudinga pagalba šių valstybių vyriausybėms.
• Dar vienas, ne mažiau svarbus Lietuvos galimas indėlis į Aljanso saugumą – tai didelė patirtis santykiuose su Rusijos Federacija. Lietuva, iširus Sovietų Sąjungai, yra pasiekusi gana gerų rezultatų bendradarbiaudama su šia valstybe, pvz.: karių išvedimas, karinis tranzitas, bendradarbiavimas sienų apsaugos klausimas ir t.t.
• Galima paminėti dar vieną Lietuvos nuostatą, padedančią konsoliduoti NATO ir Europos Sąjungos (ES) santykius. Kaip žinome, ES 1999 m. pradėjo realiai įgyvendinti Europos saugumo ir gynybos politiką (ESDP). Akademiniuose sluoksniuose galima išgirsti skirtingų nuomonių, susijusių su šios politikos tikslais ir perspektyvomis. Daugelis mano, kad ES, įgyvendindama šią politiką, siekia svaresnio ar netgi lygiaverčio balso, kai su Jungtinėmis Amerikos Valstijomis reikia spręsti globalius klausimus ir priimti svarbius sprendimus. Tačiau stengiamasi nedubliuoti NATO ir ESDP funkcijų ir yra laikomasi nuomonės, kad NATO turi likti vienintelė gynybinė galia Europos saugumo sistemoje, tiesiog su daug stipresniu europiniu NATO ramsčiu. Tačiau vyrauja ir kita nuomonė, tvirtinanti, kad ESDP gali padidinti jau ir taip egzistuojantį transatlantinio solidarumo trūkumą ir susilpninti NATO vaidmenį Europoje ar netgi lemti šios organizacijos iširimą. Šiuo klausimu Lietuva laikosi aiškios pozicijos. Kaip pabrėžė LR krašto apsaugos ministras Linas Linkevičius, mūsų valstybė remia ES politinę valią prisiimti didesnę įsipareigojimų dalį stiprinant tarptautinį saugumą, tačiau mano, kad ji turi veikti išimtinai Aljanso rėmuose, kadangi NATO yra vienintelė didelę patirtį turinti saugumo organizacija Europoje. Pasak ministro, “ESDP proceso rezultatai jokiu būdu neturėtų kompromituoti NATO, kaip euroatlantinio saugumo kertinio akmens, reikšmės, bet dar labiau turėtų ją paryškinti.” Taigi Lietuvos, kaip NATO ir ES narės, tikslas yra siekti šių organizacijų dialogo, išvengti galimo NATO ir ESDP funkcijų dubliavimo.

Seimo NATO reikalų komisija buvo sudaryta 1999 m. birželio 29 d. Tais pačiais metais patvirtinti ir Komisijos Nuostatai, kuriuose suformuluoti jos darbo tęstinumą užtikrinantys uždaviniai. Tačiau 2004 m. kovo 29 d. Lietuvai tapus visateise NATO nare, dar 1999 m. suformuluoti Komisijos uždaviniai ne visiškai atitinka šių dienų realijas, kadangi, visų pirma, jie susiję su integracijos į NATO procesais. Taigi siekiant išlaikyti Komisijos veiklos efektyvumą, būtina koreguoti jai numatytus uždavinius. Tai galima būtų daryti atsižvelgiant į naujus Lietuvos, kaip NATO narės, tikslus, prioritetus ir vaidmenį šioje organizacijoje. Kaip vienas iš pagrindinių Komisijos veiklos aspektų turėtų išlikti parlamentinių ryšių su NATO narystės siekiančių šalių parlamentais stiprinimas ir plėtojimas. Taip pat svarbu rūpintis platesniu visuomenės informavimu NATO veiklos klausimais. Kaip pabrėžė šiais metais Lietuvoje viešėjęs NATO jungtinių pajėgų Europoje vyriausiasis vadas generolas J. L. Jones, Lietuva turi rūpintis kuo platesniu visuomenės informavimu apie tai, ką NATO veikia, kokie yra šios organizacijos tikslai ir struktūra, kadangi nuo šaltojo karo pabaigos vyksta laipsniška NATO transformacija, todėl nemaža visuomenės dalis galbūt dar nėra susipažinusi su dabartiniais Aljanso uždaviniais bei veiklos principais. NATO reikalų komisijos veikla visus šiuos penkerius metus buvo išties naudinga, todėl reikėtų manyti, kad ateinančiais metais jos darbas bus ne mažiau svarbus ir turės šiek tiek naują atspalvį.