Gimė 1943 m. vasario 26 d. Švenčionių rajono Vasiuliškių kaime.

1949–1956 m. mokėsi Švenčionių rajono Kaltanėnų septynmetėje (dabar – pagrindinė) mokykloje, nuo 1956 m. – Vilniaus 1-ojoje vidurinėje mokykloje (dabar – Antano Vienuolio gimnazija), kurią baigė 1960 m.
1960 m. įstojo į Vilniaus valstybinio universiteto (VVU) Pramonės ekonomikos fakultetą (dabar – Vilniaus universiteto (VU) Ekonomikos fakultetas), kurį su pagyrimu 1965 m. baigė ir įgijo ekonomistės specialybę. 1970–1971 m. studijavo šio fakulteto aspirantūroje. 1971 m. apgynė ekonomikos mokslų kandidatės (dabar – ekonomikos mokslų daktarės) disertaciją. 1986 m. apgynė ekonomikos mokslų daktarės (dabar – habilituotos socialinių mokslų daktarės) disertaciją.
1964–1965 m. dirbo Vilniaus namų statybos kombinate ekonomiste.
1965–1986 m. – VVU Pramonės ekonomikos fakulteto dėstytoja, vyresnioji dėstytoja, nuo 1978 m. – docentė.
1981–1986 m. dirbo mokslinį darbą Vengrijos universitetuose, 1982–1983, 1986, 1988 m. – Vokietijos Federacinės Respublikos (VFR) universitetuose. 1982–1983 m. paskirta A. von Humboldto fondo (VFR) stipendija.
1986–1988 m. – Lietuvos žemės ūkio ekonomikos instituto direktoriaus pavaduotoja mokslui, 1988–1989 m. – Liaudies ūkio vadovaujančių darbuotojų ir specialistų kvalifikacijos kėlimo instituto rektorė.
1989–1990 m. – Lietuvos TSR Ministrų Tarybos pirmininko pavaduotoja.
1989–1990 m. – TSRS liaudies deputatė, išrinkta Šiaulių teritorinėje rinkimų apygardoje.
1990 m. kovo 11 d. Lietuvos nepriklausomos valstybės atstatymo Akto signatarė.
1990–1992 m. – Aukščiausiosios Tarybos – Atkuriamojo Seimo deputatė, išrinkta Verkių rinkimų apygardoje Nr. 5. Iškėlė Lietuvos persitvarkymo sąjūdis. Aukščiausiojoje Taryboje – Atkuriamajame Seime dirbo Ekonomikos komisijoje.
1990–1991 m. – Ministrė Pirmininkė pirmojoje (XXII) Vyriausybėje.
1993 m. įsteigė individualią įmonę „K. Prunskienės konsultacinė firma“ („K. Prunskienė-Consulting“). Iki 1996 m. buvo jos prezidentė ir verslo konsultantė.
1996–2000 m. – VII Seimo narė, išrinkta Molėtų-Švenčionių rinkimų apygardoje Nr. 54. Iškėlė Lietuvos moterų partija. Seime dirbo Ekonomikos komitete.
2000–2004 m. – VIII Seimo narė, išrinkta Molėtų-Švenčionių rinkimų apygardoje Nr. 54. Iškėlė Naujosios demokratijos partija. Seime dirbo Europos reikalų, Ekonomikos ir Socialinių reikalų ir darbo komitetuose.
Žemės ūkio ministrė tryliktojoje (XXXIV) Vyriausybėje (prisiekė ir pradėjo eiti pareigas 2004 m. gruodžio 14 d.).
1996–2000 m. dirbo nepagrindinėje darbovietėje – Vilniaus Gedimino technikos universiteto profesore. Skaitė paskaitas „Lietuvos ekonomikos transformavimo raida“, „Užsienio investicijos ir tarptautinis marketingas“, „Europos integracijos ekonominės ir socialinės pasekmės“, „Ateities ekonominės strategijos prioritetai“. Taip pat skaitė paskaitas visuomenei įvairiuose universitetuose, klubuose, susitikimuose, konferencijose.
1997–1998 m. – Molėtų rajono savivaldybės tarybos narė.
1988 m. – viena iš Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio įkūrėjų. 1988–1990 m. buvo šio judėjimo iniciatyvinės grupės, Tarybos narė.
Nuo 1980 m. iki 1990 m. kovo 10 d. – TSKP narė. 1995 m. – viena iš Lietuvos moterų partijos steigėjų. Nuo 1995 m. vasario 25 d. iki 1998 m. – šios partijos pirmininkė. 1998 m. perrinkta atsinaujinusios ir pavadinimą pakoregavusios Naujosios demokratijos/Moterų partijos pirmininke. Nuo 2000 m., pakeitus partijos pavadinimą, – Naujosios demokratijos partijos pirmininkė. Nuo 2001 m. – Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų sąjungos pirmininkė.
1991–1994 m. – Europos politinių studijų centro konsultacinės tarybos narė, 1993–1996 m. – Tarptautinio ekonominių reformų ir bendradarbiavimo komiteto Bonoje narė.
Nuo 1995 m. – Moterų – pasaulio lyderių tarybos (prie Harvardo universiteto, JAV) narė. Nuo 1998 m. – Parlamentarų – lyderių fondo valdybos narė. Nuo 1999 m. – Tarptautinės informatizacijos akademijos akademikė, Tarptautinės menedžmento akademijos tikroji narė. Europos moterų organizacijų matronato narė.
Nuo 1991 m. – Lietuvos ir Europos instituto, visuomeninės mokslinės ne pelno organizacijos, prezidentė. Nuo 1998 m. – Ekonominės strategijos ekspertų tarybos koordinatorė, dirba makroekonomikos srityje. Ekonomistų klubo prezidentė.
Nuo 2002 iki 2005 m. sausio 5 d. – Jungtinių Tautų vaikų fondo (UNICEF) Lietuvos nacionalinio komiteto pirmininkė.
Nuo 1992 m. – Lietuvos moterų futbolo asociacijos prezidentė, nuo 1994 m. – Baltijos moterų krepšinio lygos prezidentė.
Lietuvos ir užsienio spaudoje paskelbė per 400 mokslinių ekonomikos darbų bei straipsnių. Yra keliasdešimties knygų autorė. 1992–1997 m. – leidinio „Lithuania Today“ redaktorė. Skaitė daug pranešimų tarptautinėse konferencijose, forumuose, kongresuose.

Aktualiausios išleistos knygos politine tematika:
Gintarinės ledi išpažintis. Vilnius: Politika, 1991, p. 158.
Leben für Litauen. Frankfurt/Main; Berlin; Ullstein, 1992.
Užkulisiai. Vilnius: Politika, 1992, p. 80.
Iššūkis drakonui. Kaunas: Europa, 1992, p. 112.
Išsivadavimo kaina. Vilnius: Politika, 1993, p. 192.
Laisvėjimo ir permainų metai. Vilnius: Viltis, 1995, p. 135.
Markt Baltikum: Geshäfts- und Investionsratgeber für die Praxis. Freiburg, Berlin: Rudolf Haufe Verlag, 1995, p. 225.
Transformation, Co-operation, and Conversion. Ed. by K. Prunskienė, E. Altvater. Dordrecht, Boston, London: Kluwer Academic Publishers, 1996, p. 146.
Intellectual Property Rights in Central and Eastern Europe: The Creation of
Favourable Legal and Market Preconditions. Ed. by K. Prunskienė, E. Altvater. Amsterdam: IOS Press, Ohmsha, 1998, p. 188 (NATO ASI Series 4: Science and technology Policy. Vol. 25).

1991 m. Romoje (Italija) už politinę veiklą atkuriant Lietuvos nepriklausomybę apdovanota Minervos prizu. 2000 m. apdovanota Didžiojo Lietuvos Kunigaikščio Gedimino ordino Komandoro didžiuoju kryžiumi, Lietuvos nepriklausomybės medaliu. 2001 m. už ypatingus nuopelnus Vokietijos Federacinei Respublikai apdovanota Nuopelnų ordino Didžiuoju nuopelnų kryžiumi su žvaigžde.

Pomėgiai – publicistiniai darbai, gamta, plaukimas.

Moka vokiečių, rusų kalbas (laisvai) ir gali susikalbėti anglų, lenkų, portugalų kalbomis.

Išsituokusi.
Turi tris vaikus. Dukra Rasa Vaitkienė – Vilniaus universiteto Ekonomikos fakulteto absolventė, dirba verslo konsultante. Dukra Daivita Jackevičienė – Manheimo universiteto (Vokietija) sociologijos specialybės absolventė, dirba J. W. Goethe’ės instituto kultūros projektų koordinatore. Sūnus Vaidotas Prunskus baigė verslo vadybos studijas Kauno technologijos universitete, dirba Švenčionių rajono mero pavaduotoju.